Trở thành một nhà văn giàu có và nổi tiếng, Émile Zola vẫn không ngần ngại dính líu vào Vụ Dreyfus khi ông tin vào sự trong sạch của viên đại tá gốc Do Thái Alfred Dreyfus. Đây là một vụ bê bối làm chấn động nền chính trị và xã hội Pháp cuối thế kỉ 19 khi sĩ quan gốc Do Thái Dreyfus bị kết tội làm gián điệp cho người Phổ trong một vụ án cho thấy rõ sự phân biệt đối xử của nước Pháp với những người Do Thái. Émile Zola không tham gia phản đối việc bắt giữ Dreyfus năm 1894, tuy vậy từ năm 1895 ông bắt đầu phẫn nộ trước làn sóng bài Do Thái ở nước Pháp, đặc biệt là trước những bài viết của Édouard Drumont trong tập tiểu luận chống Do Thái La France juive và báo La Libre Parole. Ngày 16 tháng 5 năm 1896, Émile Zola viết bài báo Pour les juifs (Vì người Do Thái) trên tờ Le Figaro để biểu lộ sự phản đối cuộc vận động chống Do Thái do Drumont đứng đầu và đặt câu hỏi về danh dự của nước Pháp trong vụ án này.

Việc Émile Zola tham gia Vụ Dreyfus, vai trò của ông trên văn đàn Pháp, đặc biệt là vị trí thủ lĩnh của trào lưu chủ nghĩa tự nhiên, đã khiến những người ủng hộ Dreyfus như Auguste Scheurer-Kestner và Bernard Lazare tới đề nghị nhà văn trực tiếp tham gia vào việc minh oan cho viên sĩ quan gốc Do Thái. Ban đầu Zola có do dự nhưng đến tháng 9 năm 1897 thì ông đã viết cho vợ rằng mình đã đồng ý đích thân dính líu vào vụ bê bối này. Ngày 13 tháng 1 năm 1898, Émile Zola viết bài báo nổi tiếng Tôi kết tội (J'accuse) trên tờ L'Aurore của Georges Clemenceau, bài báo đã gây tiếng vang lớn và thúc đẩy quá trình xét xử lại vụ án. Vì bài báo này, Zola đã bị kết tội vu khống với mức án cao nhất cho tội này là 1 năm tù với số tiền phạt lên tới 7500 franc (do nhà văn Octave Mirbeau trả hộ). Để thoát khỏi án phạt, nhà văn buộc phải sống lưu vong ở Luân Đôn một năm, khi quay về Pháp ông đã viết thêm một loạt bài báo về Vụ án Dreyfus trên tờ La Vérité en marche.